スケルトンがルートノードとしてマークアップされている FBX ファイルの場合、3.4 に比べて 3.5 では追加のルードノートとしてインポートされます。
Unity3.5 はアニメーション付きのキャラクターをインポートするとき、最も一般的なセットアップがひとつのルートノードにすべてのボーンを配下にした階層にスケルトンがあるために、このような挙動をします。 追加のアニメーションを作成するとき、一般にスキンメッシュを FBX ファイルから取り除きます。この場合新しいインポート方法は追加のルートノードが必ず存在し、それゆえにアニメーションとスキンメッシュが実際に一致することが保証されます。
もしインスタンスと FBX ファイルのプレハブの接続が 3.4 で壊れた場合、アニメーションは 3.5 で一致せず、アニメーションが再生できないことにつながります。
その場合、プレハブやゲームオブジェクトの階層を、FBX ファイルをシーンにドラッグすることで、再構築することを推奨します。