Обновление до Unity 3.5

If you have an FBX file with a root node marked up as a skeleton, it will be imported with an additional root node in 3.5, compared to 3.4

Unity 3.5 does this because when importing animated characters, the most common setup is to have one root node with all bones below and a skeleton next to it in the hierarchy. When creating additional animations, it is common to remove the skinned mesh from the fbx file. In that case the new import method ensures that the additional root node always exists and thus animations and the skinned mesh actually match.

Если связь между экземпляром и префабом FBX файла была нарушена в 3.4, анимация не будет соответствовать в 3.5 и как следствие не будет проигрываться.

В этом случае рекомендуется пересоздать префаб или иерархии Игрового Объекта путем перетаскивания вашего FBX файла в сцену и пересоздавая его.