アニメーターコントローラー(Animator Controller)アセットは、Unity 上に作成され、キャラクターやオブジェクト用のアニメーションセットを配置・管理するためのものです。たいていの場合、複数のアニメーションを利用して、ゲーム内で特定の状況が起きたときにそれらを相互に切り替えて使用するのは普通のことです。例えば、スペースバーが押される度に歩きのアニメーションからジャンプのアニメーションへ切り替えるなどです。ただし、単一のアニメーションクリップしかない場合でも、それをゲームオブジェクトに使用するためには、アニメーターコントローラーに配置する必要があります。
コントローラーは、その中で使われているアニメーションクリップへの参照を持っており、ステートマシン(State Machine) と呼ばれるものを使用してさまざまなアニメーションのステート(状態)やそれら同士の間の遷移を管理します。ステートマシンは、一種のフローチャートとも、あるいは Unity 上にヴィジュアル・プログラミング言語で記述された簡単なプログラムとも考えることができます。ステートマシンに関する詳細は、アニメーションステートマシンを参照してください。
状況によっては アニメーターコントローラーが自動的に作成される場合があります。例えばアニメーションウィンドウ(Animation Window)を使用して新しい GameObject のアニメーション化を開始するときなどです。
それ以外の場合は、新しいアニメーターコントローラーアセットを自分で作成することになるでしょう。そこにアニメーションクリップをドラッグして来て、クリップ同士の間に遷移を作成することでステートマシンが形成され、ステートを追加していくことができます。